Shanghai Center for Systems Biomedicine
上海系统生物医学研究中心是依托上海交通大学成立的生物医学研究机
构，为校直属研究机构，又称上海交通大学系统生物医学研究院。该中心是
集生物、医学、物理、工程、数学、信息及计算等不同学科，集研究、教
育、开发及服务于一体的新型科研机构。中心由国际著名血液学家和分子遗
传学家陈竺院士主持，以系统生物学的方法为基础，大力推动基础研究与临
床相结合，推动新型诊断、治疗技术的研究和药物创新，力争将中心建设成
为一个先进的、能够支撑上海乃至全国高水平生物医学研究与开发的公共技
术平台，为预测、预防和个性化的后基因组时代的人类医学做出重要贡献。
上海系统生物医学研究中心项目总投资人民币2亿3千多万。建成后的研
究大楼总建筑面积达2万2千多平方米，包括实验室、教学中心、动物房等基
本设施。中心将包括代谢组学、纳米生物技术、化学生物学、临床资源和组
织库等先进技术平台。目前，我院主要开展四个方向的系统生物学研究：肿
瘤组、神经疾病组、药物开发组以及技术与平台组。
热烈欢迎有志于学科交叉，勇于创新，并愿为发展系统生物医学而共同
奋斗的广大青年学子踊跃加入上海交通大学系统生物医学研究院！
招生咨询
系统生物医学研究院主页：http://scsb.sjtu.edu.cn/
招生负责人联系方式：刘老师，021-34206641，
yanyanliu2013@sjtu.edu.cn
上海交大研究生院主页： http://www.gs.sjtu.edu.cn/
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研究生招生方式
硕士生：我院招生指标全部为学术型学位，无专业学位，享受国
家普奖+学校资助+导师资助+专项奖助学金
入学方式：√ 推荐免试硕士研究生
√ 统考
博士生：正常学制内享受国家普奖+学校资助+导师资助+专项奖助
学金
入学方式：√ 本科推免直博生（含致远荣誉计划博士生）
√ 硕博连读
√ 申请-考核制
上海交通大学校内设有各类专项奖助学金，另设有助管、助
教、学生辅导员、挂职实习等勤工助学岗位供研究生选择，帮助
家庭经济困难学生完成学业。
上海交通大学注资100万设置“优秀博士新生奖学金”
为吸引优秀学生致力于学术研究，提高博生生生源质量，学校注资100
万设置“优秀博士新生奖学金”。评选范围：当年录取注册的全日制学术
型、来自985和国家重点学科的优秀博士新生，含本科直博、硕博连读、申
请-考核、公开招考，共享100万奖金。
奖学金政策
博士生致远荣誉招生计划
培养目标
博士生致远荣誉计划旨在瞄准科学前沿、对接国家发展重大需求，通过一
系列培养模式改革，建立有效激励机制，培养一批具有宽阔视野、科学精神、
创新能力、勇于担当的未来科学和工程技术领军人才，形成一支具有国际水准
与业界重要影响的导师队伍，以点带面推动全校的博士生创新培养体系建设。
报考条件
本科推免直博生且满足以下条件：
1、上海交通大学致远荣誉计划本科生；
2、教育部基础拔尖人才培养计划成绩排名前50%的学生；
3、C9高校或所在学科全国排名前10%的普通班成绩排名前20%的直博生；
4、本科阶段有科研经历并在SCI上发表学术论文者或大学生创新竞赛获奖者优
先考虑。
一流师资队伍
1、学校长聘正教授及以上或入选“青年千人、青年拔尖、青年长江学者、自
然科学基金优秀青年项目获得者”的优秀青年教师；
2、在过去5-10年有一定培养尖端研究人才的成功经历；
3、在过去5-10年内经常性被邀请在国际会议上作邀请报告；
4、与国外顶级大学的知名教授有长期的合作关系。
可招收致远荣誉计划博士生导师名单请详询刘老师，021-34206641，
yanyanliu2013@sjtu.edu.cn
顶尖人才培养模式
1、双导师制、对接国外导师联合培养；
2、每年6万元博士津贴，设立荣誉计划专项基金等鼓励学生潜心科研；
3、学校择优推荐“荣誉计划”博士毕业生到海外一流大学做博士后，并由学
校给予资助；
4、独立设置教学班，聚集全校的优质课程资源。
陈竺 院士
上海市瑞金二路197号瑞金医院血液学研究所
邮政编码：200025
联系电话：021-64370045-610604
Email：zchen@stn.sh.cn
江苏镇江人。中国科学院院士，美国科学院外籍院士，欧洲艺术、科学和人文学院院士，第三世界科学院院士，
法国科学院外籍院士，欧洲科学院外籍院士，香港医学专科学院荣誉院士，英国医学科学院荣誉院士，英国皇
家学院外籍会员，上海交通大学医学院教授，上海交通大学医学院附属瑞金医院终身教授。 1989年毕业于法
国巴黎第七大学，获博士学位。现任十二届全国人大常委会副委员长 ，国际科学院协作组织主席，上海血液
学研究所名誉所长，国家人类基因组南方研究中心主任，国务院学位委员会委员，国家“973”计划首席科学
家，国家“863”计划生物与现代农业技术领域专家咨询委员会主任，意大利热那亚大学名誉教授，香港大学
名誉科学博士，法国巴黎第五大学和巴黎第七大学名誉博士，德国马普学会分子遗传研究所科学委员会委员。
浙江鄞县人。中国工程院院士。1975年毕业于上海交通大学医学院(原上海第二医科大学)，1981年获医学硕士
学位，1989年获法国巴黎第七大学科学博士。现任中国科学技术协会副主席、上海交通大学医学院教授、博士
生导师，上海血液学研究所研究员、所长，医学基因组学国家重点实验室主任，十届、十一届全国人大代表。
她主要从事肿瘤的细胞遗传部和分子遗传学研究，在大量白血病核型分析的基础上发现了一组新的染色体易位
的白血病。在多种白血病发生、发展的细胞和分子机制研究方面取得了一系列创新性成果。获得包括国家自然
科学二等奖在内的国家和省部级科技奖9项，并获全国劳动模范、全国“三八”红旗手、全国十佳女职工、全
国十大女杰等国家级荣誉称号。
1. 白血病治疗的细胞和分子机制研究
2. 白血病基因产物靶向治疗
3. 血液病的诊断及发病原理研究
4. 造血干细胞发育和表观遗传学
5. 白血病系统生物学
陈赛娟 院士
上海市瑞金二路197号瑞金医院血液学研究所
邮政编码：200025
联系电话：021-64370045-610604
Email：sjchen@stn.sh.cn
乐黄莺 副研究员
上海市闵行区东川路800号
系统生物医学研究院
联系电话：021-34207202
Email：hyle@sjtu.edu.cn
硕士生导师，2008年获得生物化学与分子生物学专业理学博士，同年进入系统生物医学研究院陈竺院士课题组
工作，围绕血液疾病开展1）红系造血发育调控；2）筛选诱导白血病细胞凋亡与分化的小分子化合物及机理研
究工作，主持国家自然科学基金青年科学基金，作为学术骨干参与国家重大科学研究计划多项。多次指导中学
生参加科技创新项目研究均获奖。获2009年度上海交通大学-SMC晨星优秀青年教师奖。
课题组成员 课题组主要研究领域和方向
韩泽广 讲席教授 常务副院长
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼
C203
邮编：200240
办公室：021-34206124
电子邮件：hanzg@sjtu.edu.cn
1964年1月出生，上海交通大学讲席教授、博导、上海交通大学系统生物医学研究院常务副院长，转化医学研究院
副院长，系统生物医学教育部重点实验室主任。国家“万人计划”百千万工程领军人才、教育部长江特聘教授、
国家杰出青年基金获得者、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、“973”项目首席科学家。兼任国家人类基因
组南方研究中心省部共建健康与卫生重点实验室常务副主任，功能基因组部主任。主要研究方向为肿瘤（肝癌）
分子遗传学和系统生物学应用，重点阐明肿瘤发生发展过程中的遗传学和表观遗传学变异以及导致的分子相互作
用网络紊乱；探讨基于分子机制基础上的肿瘤预防、诊断和靶向治疗方法。已在国际杂志发表论文110余篇，他人
引用5300多次。研究成果先后获得国家、教育部和上海市自然科学奖以及谈家桢生命科学奖和全国优秀博士论文
等。现为国际学术期刊Progress in preventive medicine执行主编，BMC Bioinformatics副主编、World Journal of
Hepotology副主编，The Scientific World Journal编委，上海市生物化学与分子生物学会理事。
Nature Genetics, 2012; 44(10): 1117-1121
影响因子=35.532
杂志配发评述：
Genomic landscape of liver cancer
肝癌外显子测序揭示新病因-化学污染环境以及肿瘤进化
Primary tumor PVTT
肝癌功能基因组学研究结果一览
实验室网站：
http://hanlab.sjtu.edu.cn/
课
题
组
及
平
台
成
员
（
硕
导
）
王兰
副研究员
肿瘤相关的表
观遗传调控基
因在肝癌发生
和发展过程中
的作用
何昆燕
副研究员
肿瘤新靶标
发现和药物
筛选
邹欣
副研究员
基于统计学的单
细胞数据分析新
算法开发
苏现斌
副研究员
基于单细胞基
因组学研究肝
癌克隆结构演
变及调控规律
陶生策 研究员 副院长
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市东川路800号系统生物医学大楼B207
邮编：200240
办公室/传真：021-34207069，实验室：021-34207041
电子邮件：taosc@sjtu.edu.cn or 327tao@gmail.com
主页：http://taolab.sjtu.edu.cn/
微信公众号：Microarray2ARTS
湖北武穴人。教育部新世纪优秀人才（2010），上海市青年科技启明星（2010）。1997年本科毕业于山东大学
微生物系，2000年7月硕士毕业于中国科学院武汉病毒研究所，2004年1月毕业于清华大学生物科学与技术系，
获博士学位。2004年8月赴美留学，在美国约翰霍普金斯大学药学系和高通量生物学中心从事博士后研究。
2009年1月回国，现供职于上海交通大学系统生物医学研究院，主要从事蛋白质芯片和系统生物学研究。迄今
为止，已发表以Nature Biotechnology，Science Advances, PNAS等为代表的科研论文90余篇，参与了约10部中英
文学术专著的编写、翻译和导读工作。获得包括一项国际专利在内的31项专利授权。已获得包括973，863，十
二五/十三五重大专项以及自然科学基金等在内的多项支持。60多次受邀做国际和国内学术报告。
正在开展的研究课题：
1. 新冠病毒蛋白/小肽芯片研究
2. 抗结核新靶点及新药研究
芯片点样仪
芯片荧光扫描仪
主要研究领域和方向：
1. 蛋白质芯片际相关技术研究
2. 肺结核分支杆菌系统生物学研究
结核分枝杆菌
>4200
人
>19 ,000
3. 高效疾病生物标识物发现研究
4. 颠覆性抗体技术研究
超高通量抗体芯片
62,208
吴强 特聘教授 常务副主任
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼C104
邮编：200240
办公室电话：021-34204467
传真：021-34204300
电子邮件：qiangwu@sjtu.edu.cn
复旦大学微生物学学士和病毒学硕士学位；美国纽约州立大学石溪分校和冷泉港实验室细胞发育生物学研究生
学历，哲学博士学位。上海交通大学特聘教授，系统生物医学研究院和上海市肿瘤研究所研究员，博士生导师。
系统生物医学教育部重点实验室常务副主任，比较生物医学研究中心主任，科技部重大科学研究计划（973）
项目首席科学家，享受国务院政府特殊津贴专家，上海市优秀学术带头人，教育部自然科学奖（一等奖）获得
者，上海市自然科学一等奖获得者。中国细胞学会表观遗传分会和中国遗传学会基因编辑分会专业委员，中美
生命科学家学会终身会员。曾获得Sigma Xi Excellent Research Award, The Second Annual RNA Award, Damon
Runyon Research Fellowship Award, American Cancer Society Research Scholar Award, Basil O’Connor Scholar
Award等奖项。在分子遗传学和发育生物学领域取得一系列研究成果，相关论文发表于Genome Biology (2020),
Protein&Cell (2019), Cell Discovery (2019), Cell (2015, 1999), Science (2017, 1996), Molecular Cell (2018, 2002),
eLife (2018), JBPL (2018), Cell Research (2017), AJHG (2017), JMCB (2015, 2012), MCB (2014, 2009,1999), PNAS
(2012, 2000) 等学术杂志。
承担项目：
国家重大科学研究计划项目（973）项目首席科学家
国家自然基金重点和重大项目负责人
上海市重大项目负责人
主要研究与课题方向：
三维基因组编辑、结构与功能研究
-原钙粘蛋白基因家族在大脑发育中的功能与研究
-UGT基因家族在药物代谢过程中的功能与研究
沈玉梅 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学研究院D404
邮编：200240
电话：86-21-34204561
电子邮件：yumeishen@sjtu.edu.cn
1999年在大连理工大学获工学博士学位，之后在中国科学院上海有机化学研究所工作，从事具有C2对称轴手性
配体的设计合成、不对称环丙烷化反应以及化学方法固定CO2反应。2002年3月起在美国科罗拉多州立大学
(Colorado State University) 化学系作为博士后从事不对称环氧化等化学反应方法学研究。2004年10月以 “百人
计划”引进中国科学院上海应用物理研究所，从事同位素标记及其在生物医学中的应用研究， SPECT显像证明
Tc-99m标记纳米胶束可用于肿瘤早期诊断。2011年1月进入上海交通大学系统生物医学研究院，从事新型两亲
性嵌段共聚物自组装胶束在药物/基因载体中的应用；可裂解连接单元在DNA测序中的应用。实验证明基于分子
胶的嵌段共聚物胶束可有效改善难溶性药物水溶性并具有缓释、控释作用。目前已有28项发明专利获得授权，
相关研究成果发表于 Chem. Comm.; Macromolecules; Acta Biomaterilia ; Polymer Chem.等国际SCI期刊。
主要研究领域和方向：
新型两亲性嵌段共聚物自组装纳米胶束作为药物/基因运输载体的应用；
四色荧光可逆终止核苷酸在DNA合成测序/单分子测序中的应用
近年代表性研究论文
1. Shan, A.; Lu, J.; Xu, Z.; Li, X.; Xu, Y.; Li, W.; Liu, F.; Yang, F.; Sato,T.; Narimatsu, H.; Zhang, Y. Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 18
non-catalytically regulates the ER homeostasis and O-glycosylation. BBA-General Subjects 2019, 870-882.
2. Yan, X.; Lu, J.; Zou, X.; Zhang, S.; Cui, Y.; Zhou, L.; Liu, F.; Shan, A.; Lu, J.; Zheng, M.; Feng, B; Zhang, Y. The polypeptide Nacetylgalactosaminyltransferase 4 exhibits stage-dependent expression in colorectal cancer and affects tumorigenesis, invasion and differentiation. Febs J
2018, 3041-3055.
3. Liu, F; ..Hurtado-Guerrero, R.; Zhang, Y. etal. The small molecule luteolin inhibits N-acetyl-a-galactosaminyltransferases and reduces mucin-type Oglycosylation of amyloid precursor protein. J Biol Chem 2017, 292(52), 21304-21319.
4. Xu, Z.; Li, X.; Zhou, S. Xie, W.; Wang, J.; Cheng, L.; Wang, S.; Guo, S.; Xu, Z.; Cao, X.; Zhang, M.; Yu, B.; Narimatsu, H.; Tao, S.; Zhang, Y.,
Systematic identification of the protein substrates of UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase-T1/T2/T3 using a human proteome
microarray. Proteomics 2017, 17, (11).
5. Zou, X.; Zhu, M.; Yu, D.; Li, W.; Zhang, D.; Lu, F.; Gong, Q.; Liu, F.; Jiang, J.; Zheng, M.; Kuno, A.; Narimatsu, H.; Zhang, Y.; Zhang, X. X., Serum
WFA+
-M2BP levels for evaluation of early stages of liver fibrosis in patients with chronic hepatitis B virus infection. Liver Int 2017, 35-44.
6. Xu, Y.; Pang, W.; Lu, J.; Shan, A.; Zhang, Y., Polypeptide N-Acetylgalactosaminy ltransferase 13 Contributes to Neurogenesis via Stabilizing the Mucintype O-Glycoprotein Podoplanin. J Biol Chem 2016, 23477-23488.
张延 教授
上海交通大学系统生物医学研究院
糖生物学和糖组学实验室
Tel: 021-34206778 (office) 021-34206966 (Lab)
E-mail: yanzhang2006@sjtu.edu.cn
http://glycolab.sjtu.edu.cn/
张延教授，博士生导师，上海市浦江人才。日本东京大学博士,日本国立产业技术综合研究所等工作十年。
现任上海交通大学长聘教授、系统生物医学研究院糖生物学和糖组学课题组PI、中日医学糖组学联合实验室中方
主任。为国家“973”课题、“863”子课题、科技部国际科技合作专项及国家自然科学基金项目负责人；任中国糖复
合物专业委员会常务委员、中国糖生物工程专业委员会常务委员。
专注功能糖生物学和疾病糖组学研究。运用临床多组学技术研究多种疾病的蛋白组和糖组表达谱、发现了
CTx等结肠癌生物标志物；糖链生物标志物WFA+
-M2BP在肝纤维化诊断中的临床应用价值；揭示了与肿瘤、发
育密切相关蛋白质O-GalNAc糖基化修饰的精准调控机制和意义。相关成果在JBC、Glycobiology 、Science、
PNAS等国内外论文70余篇、总学术引用超过3000次；其中功能糖生物学文章25篇，引用超过750次，张延课题
组是国内著名的糖科学研究团队。其蛋白质翻译后的糖基化研究在国内具有独特的学科特色。
研究方向：功能糖生物化学和疾病糖组学
研究内容：
1. 肿瘤和神经发育中蛋白质O-糖基化的调控机制
2. 蛋白质机器中的蛋白质O-糖基化修饰
3. 疾病糖链生物标志物
代表性项目：
1. 糖链对肿瘤细胞生物学行为的影响及机制研究(973前沿）
2. 蛋白质O-GalNAc糖基化分子调控机制研究；蛋白质O-GalNAc糖
基化抑制剂的分子机制研究等(国家自然科学基金面上项目6项）
3. 基于糖链生物标志物的肿瘤早期诊断新技术（国际合作/企业合作 ）
内质网及高尔基体中
蛋白质O-GalNAc 糖
基化调控机制 酶
疾病（肿瘤）
发展机制及
标志物研究
疾病蛋白质组学糖组 糖链 学研究 糖基转移酶调控底物白
在肿瘤转移、神经发育
等过程中功能研究 底物
糖基转移酶功能 疾病糖链标志物
基
础
研
究
临
床
应
用
严威 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学大楼A214室
办公室：021-34201452，手机：13818174374
实验室：021-34204138 （系统生物医学大楼D106室）
电子邮件：weiyan@sjtu.edu.cn
博士生导师，上海市“海外高层次人才”特聘专家。1988年获南京大学学士，1999年获美国威斯康星大学麦迪逊
分校（University of Wisconsin，Madison）生物分子化学博士, 1999-2002年在University of Washington 微生物系做博
士后, 2002-2013年在美国系统生物学研究所（Institute for Systems Biology）任资深研究员，随世界系统生物学先驱
Leroy Hood院士和蛋白质组学领军人物Ruedi Aebersold教授从事蛋白质组的系统研究及其在生物医学上的转化应用
研究。2013 年起全职回国加盟上海交通大学，任系统生物医学研究院蛋白质组学实验室和质谱平台负责人。2016
年起教授上海交通大学致远学院生物化学等课程。 2017年起兼任国家转化医学研究中心（上海）质谱分析平台负
责人。主要科研方向为蛋白质组学质谱分析技术的创新研发及其在转化医学上的系统应用，重点运用靶向定量蛋
白质组学技术开展疾病相关的蛋白质分子标志物的研发，探索蛋白质质谱分析在临床诊断、预后、伴随性治疗中
的转化运用， 以实现个性化（personalized）、预防性（preventive）、预见性（predictive)、参与性（participatory）
的P4医学目标。已在国际学术期刊上发表过33篇研究论文和应邀综述，被引用近2300次，h-index为20（Google
Scholar）。现担任北京 4P 健康研究院副理事长，美国P4 Medical Institute高级学者（P4 Scholar），“海千智库”专
家，中国医疗健康产业创投平台投壶网智库专家，EC Proteomics and Bioinformatics杂志编委。
主要研究领域和方向：
1.癌症的血液检测蛋白质标志物研发；
2.蛋白质组学技术的临床医学应用；
3.P4 医学精准健康的多维组学分析。
目前在研代表课题：
1.肺癌早期诊断血液蛋白质标志物研究；
2.淋巴瘤临床蛋白质组学分析和分子分型研究；
3.胸腺瘤蛋白质指纹图谱研究。
Thymoma (A/AB/B)
Thymic Carcinoma
(TSCC)
Normal Thymus
Paired normal tissue
adjacent to tumors
Tissue
Homogenization &
Protein Digestion
Peptide
Purification
Individual
Sample
(n = 90)
Nano flow
HPLC separation
Trap
Analytical
Column
Intensity
RT
m/z
Intensity
y3
y5
b2
b5
y7
b3
y9
y3
y7
y9
m/z
Intensity
Orbitrap
DIA
Spectral Library
Quantification Peptide Identification
IHC Validation Bioinformatics MS Acquisition and Data Analysis
近 5 年代表性文章 （corresponding author)
1.“Deciphering tissue-based proteome signatures revealed novel subtyping and prognostic markers for thymicepithelial tumors”
Molecular Oncology doi:10.1002/1878-0261.12642 (2020)
2.“Discovering protein biomarkers from clinical peripheral blood mononuclear cells using data-independent acquisition mass
spectrometry” Methods in Molecular Biology / Proteomics for Biomarker Discovery pp. 151-161 (2019)
3.“Data-independent acquisition-based quantitative proteomic analysis reveals differences in host immune response of
peripheral blood mononuclear cells to sepsis Scandinavian Journal of Immunology doi: 10.1111/sji.12748 (2019)
4.“Extraction, detection, and profiling of serum biomarkers using designed Fe3O4@SiO2@HA core–shell particles” Nano
Research 11(1): 68-79, doi: 10.1007/s12274‐017‐1591‐6 (2017)
5."Interleukin-6 Induced “Acute” Phenotypic Microenvironment Promotes Th1 Anti-Tumor Immunity In Cryo-Thermal
Therapy Revealed By Shotgun And Parallel Reaction Monitoring Proteomics” Theranostics 6(6): 773-794 (2016)
吴方 研究员 浦江学者
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼C103室
邮编：200240
Tel: 021-34207545
电子邮件：fang.wu@sjtu.edu.cn
Lab Homepage：ysl.sjtu.edu.cn
研究员，药物发现和机制研究实验室主任，博士生导师，上海浦江人才（2012）。于1999、2002、2007年分别获
上海交大、中国科学院和瑞士苏黎世大学学士、硕士和博士学位。2002-2003年，在瑞士诺华制药公司巴塞尔总部
临床前安全部门进行国际交换研究。2007-2010年先后在瑞士巴塞尔大学和瑞士联邦理工大学进行博士后研究工作，
并负责与瑞士雀巢公司研发总部合作的项目。现已针对多个疾病（如肿瘤、老年痴呆、帕金森等）的相关靶点蛋
白，通过构建高通量的细胞/分子生物筛选或药物设计方法，发现了多种新型的高效抑制剂，并对其分子和细胞作
用机理进行了进一步的阐述。作为通讯作者，在FASEB J.、 Chem. Commun.、J. Med. Chem. （封面文章）、 Cell
Death Disease、ACS Chem. Biol .（封面文章）、 Org. Lett、 J. Bio. Chem.等期刊发表多篇论文和受邀综述，获中
国和英国专利多项。受邀担任Scientific Reports编委。课题组先后主持国家自然科学基金项目7项、上海科委项目2
项、科技部973子课题1项。
主要研究领域和方向：
药物化学
生物化学
跨膜信号转导通路的分子和疾病作用机制研究
封面文章
治疗帕金森疾病的天然产物
H2S气体信号通路的第一个选择
性抑制剂
新型跨膜信号通路机理研究
（
硕
导
）
课
题
组
成
员
周越洋，高级实验师
研究方向：药物筛选及体外作用机制研究
1999年毕业于上海交通大学生物技术专业，获理学学士。随后进入复星医药
从事医药生产研发工作。2003年至2011年在中科院上海药物研究所暨国家新
药筛选中心从事药物高通量筛选模型的建立及筛选工作。2011年至今在上海
交通大学系统生物医学研究院从事药物筛选模型的建立和作用机制研究，在
维生素B6依赖酶的药物筛选模型的建立和作用机制研究方面，作为第一作者
或者协助指导学生已发表SCI论文数篇，包括1 篇Chem. Commun.、1 篇ACS
Chem. Biol. (封面文章）等。
封面文章
通过串联双孔药物
筛选模型发现最高
效的CSE抑制剂
孙洁林 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
邮编：200240
电子邮件：jlsun@sjtu.edu.cn
1991年7月于武汉大学物理系获学士学位，1994年于中科院上海光学精密机械研究所获硕士学位，1998年于
中科院上海应用物理研究所获博士学位。1998年至2000年于中科院上海光学精密机械研究所做博士后研究。
2000年8月进入上海交通大学生命科学技术学院工作，现为系统生物医学研究院研究员。曾赴美国弗吉尼亚
大学（2002年）和日本产业技术综合研究所（2007年）做短期访问研究。已发表学术论文70余篇，申请专利
20余项。先后主持国家自然科学基金项目4项；上海市科委纳米专项和仪器专项各1项；联合主持上海市科委
光科技专项1项；承担科技部重大科学仪器开发专项一级子任务负责人、上海市科委重大基础研究专项子课
题负责人等。受聘为全国纳米技术标准化技术委员会委员、全国微束分析标准化技术委员会-表面化学分析
分技术委员会委员/扫描探针显微镜标准化工作组副组长等。
主要研究方向：
1、生物大分子与生物膜的高分辨成像技术及其标准化研究
2、单分子/单细胞生物物理技术及其在医学领域的应用研究
张冰 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学大楼B307
邮编：200240
办公室：021-34208691
电子邮件：bingzhang@sjtu.edu.cn
研究员，博导。心血管发育及疾病分子机制实验室主任。入选2016年中组部“青年千人”。2006年毕业于山东大学医学院
生化与分子生物学系，获山东大学优秀博士毕业生。2006-2009年美国佐治亚大学生化与分子生物学系博士后，2010-
2015年美国哈佛大学医学院讲师，波士顿儿童医院助理研究员。2015年任上海交通大学系统生物学院研究员。在Nature
Communications, Genome Research, JCI, Circulation Research, PNAS, Blood, Cell Research, Genome Biology， Cancer
Research等国际著名期刊发表论文28篇。 IF>10论文共计14篇。美国科研专利1项，国内专利2项。主持包括美国Scientist
Development Grant, 国家自然基金重大研发计划，上海市教委等多项课题。现任北美血管生物学会，美国心脏病协会、
中国细胞生物学会会员，中国精准医疗企业家协会常务理事。
实验室研究方向：
1.心血管发育及缺血性疾病的表观遗传调控机制
2.心肌细胞再生及分子机制研究
3.肿瘤基因组不稳定性
4.NGS 测序技术开发
5.先心病遗传学诊断
H1 H4-12 H0
H3K27ac enrichment
0 hr 1 hr 4 hr 12 hr
VEGFA
血管新生和重构
胚胎期心脏的发育过程
动态组蛋白乙酰化H3K27ac定义信号响应的基因组元件
科研团队
已发表的文章：
1. A dynamic and integrated epigenetic program at distal regions
orchestrates transcriptional responses to VEGFA (Genome Res)
2. VEGF amplifies transcription through ETS1 acetylation to enable
angiogenesis (Nature Communications)
3. Comphensive analysis of Promoter-Promximal RNA PolymeraseII
Pasuing Across Mammlian Cell Types (Genome Biology)
4. Congenital Diaphragmatic Hernia Results From Disruption of
Developmental Angiogenesis mediated by Slit3-Robo4-Heparan
Sulfate Signaling (JCI)
5. Repulsive axon guidance molecule Slit3 is a novel angiogenic
factor (Blood)
6. A dynamic H3K27ac signature defines VEGFA-regulated
endothelial enhancers (Genome Res)
7. The mysterious origins of coronary vessels (Cell Res.)
微信公众号：ZhangBingLab
实验室网址：http://binglab.sjtu.edu.cn/
吕海涛 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼A208
邮编：200240
办公室：15221478139
电子邮件：haitao.lu@sjtu.edu.cn
课题组主页：http://lvhaitao1981.wixsite.com/lugroup
吕海涛博士，上海交通大学研究员/课题组长/博士生导师，国家重点研究发计划课题负责人
，权威的QUT Vice Chancellor’ s Research Fellowship校长特聘教授席国际人才基金获得
者，交通大学绿色通道引进高层次人才和功能代谢组科学实验室主任。2009年于黑龙江中
医药大学获得生药学博士学位。 2009-2013年先后华盛顿大学医学院等完成博士后训练，
先后在Mass Spec Rev，Journal Proteome Res, Mol Cell Proteomics，Pharmaco Res等
著名杂志发表SCI检索论文46篇。担任中国生物物理学会代谢组学分会副秘书长，美国科学
促进会（AAAS）荣誉会员等。担任著名SCI检索杂志Phytomedicine (Q1, IF 4.2)副主编，
Frontiers in Microbiology（Q1, IF 4.1）副主编，和Pharmacological Research (Q1, IF
5.57)顾问主编等，国家自然科学基金委和澳大利亚NHMRC基金评审专家。近五年，先后
主持国家重点研发计划课题1项，国家自然科学基金面上项目2项等10项课题。获教育部科
技成果一等奖1项。
黄健 教授
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼B105
邮编：200240
办公室电话：021-34204162；13917640385
传真：021-34206059
电子邮件：jianhuang@sjtu.edu.cn
江苏徐州人，博士。上海市优秀技术带头人。上海交通大学系统生物医学研究院/肿瘤基因组学课题PI/博导；国
家人类基因组南方研究中心/上海市疾病与健康基因组学省部共建重点实验室/肿瘤转化研究室主任/研究员；原
生物芯片上海国家工程技术研究中心/肿瘤基因组学研究室主任/研究员；原深圳华大基因研究院/健康事业部研
发中心主任/研究员。
研究方向1：分子遗传学和肿瘤基因组学基础和应用研究：利用基因芯片和高通量测序技术及生物信息学手段，
系统分析肝癌基因组、转录组和甲基化组的变异，并探讨各种变异与临床特征的关联性，结合细胞学和动物学
技术识别鉴定与肿瘤相关的重要功能基因，深入研究其在肿瘤发生发展中的分子机制，为肿瘤的临床诊断提供
新的指标，或为最终治愈肿瘤提供潜在的药物靶点。
研究方向2：基因组临床应用技术转化研究：肿瘤转移复发的监测技术、肿瘤化疗药物用药指导的基因检测技
术、肿瘤循环DNA检测技术等。此外，致力于女性肿瘤的防治措施研究和女性健康管理体系开发。提出关爱女
性，检测基因，消灭（晚期）宫颈癌的目标。
相关研究先后发表在Nature Genetics、Genome Biology、oncoimmunology、JCI、PNAS、Cancer Letter、
Carcinogenesis、Cancer Research、FEBS Lett、BMC Genomics、Molecular Carcinogenesis、BMC Cancer、J
Proteome Res、J Hepatol等国际杂志上。发表SCI论文40余篇：总影响因子大于180，总引用1600余次。
先后主持和主要参与的科研项目30余项。包括国家“863”计划项目、“973”计划、国家自然基金，国家博士后
资助计划一等资助，上海市科委重点项目，以及广东省创新研究团队基金和深圳市生物产业高技术产业等项目。
获得5项科研成果奖，20多项国家授权专利，参编专著二部。
RNA over-editing of BLCAP contributes to
hepatocarcinogenesis identified by whole-genome
and transcriptome sequencing. (Hu XD et al, Cancer Letter.
2014)
------ Characterization of the RNA editome of six HCC specimens.
(a) The number of RNA editing sites was identified in six HCC
specimens, including known RNA editing sites deposited in the
DARNED database and novel RNA editing sites identified in this
study. (b) Twelve types of RNA editing were identified in the
transcriptome of the six specimens.
Exome analysis of HBV-associated
hepatocellular carcinoma identifies a novel
tumor suppressor gene (ARID1A) in
hepatocarcinogenesis. (Huang J et al, Nat Genet. 2012)
------ ARID1A mutations in HCC samples and cell lines have
roles in cell proliferation and metastasis.
The distribution of the ARID1A mutation types in the HCC
samples and cell lines is shown on a schematic of the ARID1A
protein. Symbols indicate the type and location of the mutations.
郭 方，教授，肿瘤科医师
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼B309
邮编：200240
手机：18616213863，实验室：021-34208668
电子邮件：fguo@sjtu.edu.cn
一. 肿瘤基础研究方向：
1.天冬酰胺内肽酶（Asparagine Edopeptidase, AEP)在肿瘤微环境中调控的分子机理研究。
2.AEP作为自噬调控因子在M2巨噬细胞介导的炎症反应的调控机制研究。
3.AEP在肿瘤相关巨噬细胞高表达对肿瘤转移的分子机制研究。
4.微波热疗与免疫治疗和化疗联用对肿瘤转移患者疗效的分子机制研究。
5.肿瘤代谢机制及氨基酸介导的信号通路研究。
6.寻找肿瘤转移过程的新靶点。
二. 产业转化项目研究方向：
1.AEP为靶点抑制剂候选化合物及治疗性抗体药。
2.AEP为切割位点的前体药物研发。
3.AEP为靶点的肿瘤影像诊断试剂研发。
4.早期肿瘤学清诊断盒开发。
5.肿瘤Bcl-2为靶点的棉酚新型衍生物的研发。
6.肿瘤多功能抗体及偶联药物研发。
Lin Y., Guo F. el at：
J Natl Cancer Inst. 2014 Apr;106(4)
1987年福建医科大学医学学士，1987-1992年福建闽东医院内科医师，1992年-1998年日本医科大学医
学博士，1998-2000年日本医科大学附属医院泌尿科研修医师，2000-2004年美国加州大学博士后，2004-
2008年美国SCRIPPS研究所助理教授。2007-2016年中科院上海生科院健康所及中科院上海高等研究院任
研究员、博士生导师。2016年5月至今，上海交通大学教授，博士生导师。已在国际著名期刊：PNAS，J
Natl Cancer Inst.，Clin Cancer Res.，J Med Chem.，Cancer Science，Cancer Immunol Immunother, Nat Cell
Biol.，Mol Cell等发表科研论文30多篇。多项国际国内发明专利。承担：科技部重大专项，国家重大科学
研究计划项目（973及863）子课题，国家自然基金课题负责人多项，上海市重点专项及动物专项课题负责
人。
Lin Y., Guo F. el at：
Cancer Sci. 2013 Sep;104(9)
实验室全体成员与日本著名病理专
家山中宣昭 教授（前排中间）合影
摄于2016年12月
赵小东 教授
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学院D203室
邮编：200240
电话：021-34206846
电子邮件：xiaodongzhao@sjtu.edu.cn
1995年6月获湖北大学学士学位，2000年6月获中科院武汉病毒所硕士学位，2003年6月获国家疾控中心病毒所
博士学位。2003年底在新加坡基因组研究所从事博士后研究。2008年赴剑桥大学医学研究所深造。2010年就职
于上海交通大学，现为系统生物医学研究院教授。在Cell Stem Cell、 PNAS、Cell、 Genome Biology、Oncogene
等杂志上发表学术论文40余篇，申请多项专利。以干细胞及肿瘤细胞为研究对象，主要从事包括转录调控以及
表观遗传调控在内的基因组结构和功能的研究。先后主持国家自然科学基金项目3项和国家中医药管理局中医
药研究基地专项1项；承担科技部973子课题2项。
主要研究方向：
1、干细胞转录调控和表观遗传调控机制
2、肿瘤靶向治疗及相关作用机制
3、单细胞高通量测序技术研发
实验室成员 小鼠雌性生殖干细胞表观遗传机制的研究
达林泰 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路 800 号
系统生物医学大楼 D206
邮编：200240
办公室：021-34207341
电子邮件：darlt@sjtu.edu.cn
本课题组主要通过高性能计算和合成生物学的方法，利用理论与实验相结合的手段从分子水平探索生物大分
子机器 (包括蛋白质，核酸等) 结构与功能的关系；通过研究药物靶点的三维结构和其重要动力学行为来研究
小分子药物的作用机制并基于结构设计全新药物分子；通过合成生物学的方法开展创新药物研究。课题组目
前开展的工作主要有：
1）通过计算机模拟从原子水平探索病毒囊膜糖蛋白在诱导膜融合过程中的分子识别机制和其关键动力学行为。
2）通过计算机模拟从原子水平揭示 DNA 靶向蛋白搜索和识别特异性基因片段的分子机制。
代表性论文：
1. Jiaqi Tian#; Feng Liu#; Jingjing Shi; Zhijue Xu; Yan Zhang*; Lin-Tai Da*, Regulatory Role of One Critical
Catalytic Loop of Polypeptide N-Acetyl-Galactosaminyltransferase-2 in Substrate Binding and Catalysis during
Mucin-Type O-Glycosylation. ACS Catalysis, 2019, 9: 10536-10550.
2. Jingyi Weng; Xuliang Bu; Beibei He; Zhuo Cheng; Jun Xu; Lin-Tai Da*; Minjuan Xu*, Rational Engineering of
Amide Synthetase Enables Bioconversion to Diverse Xiamenmycin Derivatives. Chemical Communications, 2019,
55: 14840-14843.
3. Lin-Tai Da*; Jin Yu, Base-Flipping Dynamics from an Intrahelical to an Extrahelical State Exerted by Thymine
DNA Glycosylase During DNA Repair Process. Nucleic Acids Research 2018, 46, 5410-5425.
高性能计算 基于靶标结构的药物设计
Repaired HSCs Patient-derived HSCs
5’
3’
Lentiviral vector
CRISPR
TALEN
ZFN
in vivo
gene therapy
ex vivo
gene therapy
Lentiviral vector
蔡宇伽 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼
邮编：200240
电子邮件：yujia.cai@sjtu.edu.cn
蔡宇伽博士在山东大学和中国科学院近代物理研究所分别获得本科和硕士学位。2009年开始，在瑞典卡罗林斯卡医
学院和丹麦奥胡斯大学攻读博士学位，于2014年获得奥胡斯大学的博士学位。此后，在奥胡斯大学从事博士后研究。
蔡宇伽博士于2017年加盟上海交通大学系统生物医学研究院。长期从事基因治疗技术的研究，并有免疫学和癌症生
物学的研究背景。第一作者的论文发表在Nucleic Acids Research (2014), eLife (2014), eLife (2016), Current Gene
Therapy (2016), BioRxiv (2018) 等。课题组致力于基因治疗和免疫治疗技术的研究，目标是开发出终端产品并发表
相关论文。课题组也对基础科学问题感兴趣，力图将基础研究和转化应用衔接起来，特别是利用强大的CRISPR文
库工具无偏差地、系统性地发掘病毒与宿主互作的新因子，为HSV, HBV等治疗提供新的靶点。
主要研究领域和方向：
1.开发新型基因编辑的递送工具，解决基因编辑用于在体基因治疗‘最后一公里’的问题。
2.开发下一代慢病毒(lentiviral vector)技术，用于地中海贫血等遗传疾病基因治疗以及与CAR-T技术整合，用于肿瘤
免疫治疗 。
3.以疱疹病毒为基础，结合基因和免疫编辑手段，构建出安全高效的新型抗肿瘤溶瘤病毒。
4.利用覆盖全基因组的CRISPR文库技术研究宿主与病毒的互作，发现新的药物靶点。
代表性工作“工程化改造慢病毒载体为基因编辑
酶蛋白的递送工具”受同行高度评价
‘在体’和‘回体’基因治疗策略
CRISPR文库系统发掘
新型病毒宿主互作因子
黄丽钰 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学大楼C304
邮编：200240
办公室：021-34207042
电子邮件：huangly@sjtu.edu.cn
黄丽钰，博士，研究员。复旦大学药理学学士，上海交通大学遗传学博士(2013)，美国哈佛医学院博士后
(2015-2017)。2018年进入上海交通大学系统生物医学研究院工作，为独立PI、博士生导师，主要从事肿瘤信
号通路的研究，特别是肿瘤中关键蛋白的翻译后修饰调控研究。研究成果先后在GUT、Molecular Cell、Nature
Communications、Cell Research等国际知名期刊上发表。获国家自然科学基金及上海市自然科学基金等支持。
近5年代表性论文：
1.Huang LY#,*, Zhao J
#
, Chen H, Wan L, Inuzuka H, Guo J, Wang X, Han ZG, Sun Y*, Wei W*. SCFFBW7
-mediated
Degradation of Brg1 Suppresses Gastric Cancer Metastasis. Nat Commun. 2018 Sep 3; 9(1):3569. (#第一作者，*通讯
作者)
2.Wan L†, Xu K†, Wei Y†, Zhang J†, Han T, Fry C, Zhang Z, Wang V, Huang LY, Xia W, Chang WC, Huang WC, Liu CL,
Chang YC, Wu Y, Liu J, Jin VX, Li J, Dai X, Guo J, Liu J, Asara JM, Brown M, Huang MC, Wei W. Phosphorylation of EZH2
by AMPK Suppresses PRC2 Methyltransferase Activity and Oncogenic Function. Mol Cell. 2018 Jan 18; 69 (2): 219-291.
3.Huang LY#
, Wang X
#
, Cui XF#
, Li H, Zhao J, Wu CC, Min L, Zhou Z, Wan L, Wang YP, Zhang C, Gao WQ, Sun Y, Han ZG.
IRTKS is correlated with progression and survival time of gastric cancer patients. Gut. 2017 Jun 24. doi: 10.1136/gutjnl2016-313478. (#第一作者)
4.Xia P, Wang S, Xiong Z, Ye B, Huang LY, Han ZG, Fan Z. IRTKS negatively regulates antiviral immunity through PCBP2
sumoylation-mediated MAVS degradation. Nat Commun. 2015 Sep 8;6:8132. doi: 10.1038/ncomms9132
5.Huang LY#
, Wang YP#
, Wei BF, Yang J, Wang JQ, Wu BH, Zhang ZZ, Hou YY, Sun WM, Hu RM, Ning G, Han ZG.
Deficiency of IRTKS as an adaptor of insulin receptor leads to insulin resistance. Cell Res. 2013 Jul 30. doi:
10.1038/cr.2013.99. (#第一作者)
主要研究方向：
1.泛素化修饰异常（ubiquitination）与肿瘤的发生发展
2.胃印戒细胞癌（signet-ring cell carcinoma）的发病机制
**
**
*** *** ***
***
*
*
IRTKS促进p53泛素化降解调节胃癌进展
彭文杰 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼
邮编：200240
办公室：021-3420 4985
电子邮件：wenjiep@sjtu.edu.cn
微信：Sunny_CAL
研究员，博士生导师，糖化学生物学实验室负责人，国家重大研究计划项目负责人。2006年于中科院上海有
机化学研究所和大连化学物理研究所获得理学博士学位；2006-2010年加拿大Alberta大学国家糖中心博士后，2010
－2015年Scripps研究所研究助理，并于2015年底晋升为研究科学家（Staff scientist）。2018始任职于上海交通大学
系统生物医学研究院。已在Science, JACS, Cell Host & Microbe, Plos Pathog, EMBO Mol Med, PNAS, Cell Rep,
Angewdte Chemie以及J Virol等国际著名期刊发表论文30余篇。曾主持美国SBIR项目（$1.3 Million），所研发产品
已通过美国CIL公司销售。
本课题组致力于通过结合化学和生物技术手段研究与人类疾病相关的糖链生物学功能。
研究领域和方向：
1. 糖链在流行病毒学中的生物学意义
2. 糖基化在肿瘤免疫治疗中的生物功能
3. 糖芯片在糖生物学研究中的应用
病毒变异进化机制
糖芯片高通量筛选系统 理性设计肿瘤抑制剂
近期代表性文章：
1. Avenues to Characterize the Interactions of Extended N-Glycans with
Proteins by NMR Spectroscopy: The Influenza Hemagglutinin Case.
Angew Chem 2018.
2. Enhanced Human-Type Receptor Binding by Ferret-transmissible
H5N1 with a K193T Mutation. J Virol, 2018.
3. CD22 Ligands on a Natural N-Glycan Scaffold Efficiently Deliver
Toxins to B-Lymphoma Cells. JACS, 2017.
4. Recent H3N2 Viruses Have Evolved Specificity for Extended,
Branched Human-type Receptors, Conferring Potential for Increased
Avidity. Cell Host & Microbe, 2017.
5. A single mutation in Taiwanese H6N1 influenza hemagglutinin
switches binding to human-type receptors. EMBO MM, 2017.
肿瘤免疫治疗
徐岷涓 研究员
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号
系统生物医学大楼D202
邮编：200240
电子邮件：minjuanxu@sjtu.edu.cn
个人简历：徐岷涓博士于2006在北京大学获得生药学专业博士，同年获得洪堡奖学金在德国维尔兹堡大学有机化学
研究所从事博士后研究。2008-2010年在北京大学天然药物与仿生药物国家重点实验室任助理研究员。2010-2020年担
任系统生物医学研究院副研究员、研究员。
主要研究方向：活性天然产物的生物合成和药学功能。从微生物天然产物中鉴定新结构，发现新活性；解析活性小
分子的生物合成机制；增加结构多样性，开展构效关系研究。
承担项目：国家自然科学基金、科技部重点研发计划、转化医学交叉研究基金重点项目等 。
代表性论文：
1. Characterization and Nonenzymatic Transformation of Three Types of Alkaloids from Streptomyces
albogriseolus MGR072 and Discovery of Inhibitors of Indoleamine 2,3-Dioxygenase. Gao, Du#
; Zhou, Ting#
; Da, Lin
Tai; Bruhn, Torsten; Guo, Li Li; Chen, Yu Hang; Xu, Jun; Xu, Min Juan* Organic Letters, 2019, 21(21): 8577-8581.
2. Enzymatic Pyran Formation Involved in Xiamenmycin Biosynthesis. He, Bei Bei; Zhou, Ting; Bu, Xu Liang;
Weng, Jing Yi; Xu, Jun; Lin, Shuangjun; Zheng, Jian Ting*
; Zhao, Yi Lei*
; Xu, Min Juan* ACS Catalysis, 2019, 9(6):
5391-5399.
3. Rational engineering of amide synthetase enables bioconversion to diverse xiamenmycin derivatives. Weng, Jing
Yi; Bu, Xu Liang; He, Bei Bei; Cheng, Zhuo; Xu, Jun; Da, Lin Tai*
; Xu, Min Juan* Chemical Communications, 2019,
55: 14840-14844.
4. Combinatory Biosynthesis of Prenylated 4-Hydroxybenzoate Derivatives by Overexpression of the SubstratePromiscuous Prenyltransferase XimB in Engineered E. coli. He, Bei Bei#
; Bu, Xu Liang#
; Zhou, Ting; Li, Shu Ming;
Xu, Min Juan*
; Xu, Jun* ACS Synthetic Biology, 2018, 7: 2094-2104.
5. Structural diversity of anti-pancreatic cancer capsimycins identified in mangrove-derived Streptomyces
xiamenensis 318 and post-modification via a novel cytochrome P450 monooxygenase. Yu, He Lin; Jiang, Shu
Heng; Bu, Xu Liang; Wang, Jia Hua; Weng, Jing Yi; Yang, Xia Mei; He, Kun Yan; Zhang, Zhi Gang; Ao, Ping; Xu,
Jun*; Xu, Min Juan* Scientific Reports, 2017, 7: 40689.
抗纤维化活性厦门霉素的药学功能 新型环合酶的催化环化机制 新型酰胺合成酶的理性改造
微生物次级代谢物
药物候选物 构效关系
活性先导化合物
新颖小分子结构鉴定
生物合成机制解析
药效学
药代动力学
毒性评估
活性筛选
活性机制研究
活性靶点的确定
基于靶点理性设计
组合生物合成增加结构多样性
1 2
4 3
创新药物
研发策略
新型IDO1抑制剂
HN N
OH
HN
O
O
NH
HO
O
O O
O
Streptomyces xiamenensis 318
郭勋祥 副研究员
上海交通大学系统生物医学研究院,
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼D402
邮编：200240
电话：021-34204190
E-mail：xunxiang_guo@sjtu.edu.cn
郭勋祥，理学博士，硕士生导师。2008年在日本京都大学获得化学博士学位，2008年至2010年在日本东京大学从
事博士后研究。2010年6月进入系统生物医学研究院，主要从事有机合成化学及化学生物学的研究。迄今为止，
已在Chemical Reviews，Journal of American Chemical Society，Organic Letters等国际学术期刊发表SCI论文20余篇，
累计引用达1000余次，获2015年中国百篇最具影响国际学术论文。申请国家发明专利13项，获授权专利7项。指
导的硕士生顾大伟获得2014年研究生国家奖学金和2015年光华奖学金。任ACS Catalysis、Organic Letters、
Chemical Communications等国际学术期刊审稿人。获得国家自然科学基金，国家重点实验室开放基金等多项经费
支持。
主要研究领域和方向：
1.具有生物活性的杂环化合物的高效合成；
2.面向生物活体的分子标记等化学生物学研究。
郝洁 副研究员
上海交通大学系统生物医学研究院,
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼D103
邮编：200240
E-mail：j.hao@sjtu.edu.cn
郝洁，生物医学信息学博士，硕士生导师。2004年以英国伯明翰大学电子电机工程系建系以来最高分获得电子
电机工程本硕连读工程硕士一等荣誉学位，毕业论文获得当年唯一最佳设计奖。2005年获得由英国教育部长亲
自签发的全球优秀学生的全额博士奖学金，在英国伯明翰大学攻读生物医学信息学博士。2010年加入英国帝国
理工大学，代谢组学创史人Jeremy Nicholson教授的研究组，从事机器学习，生物信息学，化学计量学，多变
量统计分析等在代谢组学等多组学领域的应用，以及算法和软件的研发。于2015年回国加入上海交通大学系统
生物医学研究院。在Nature Protocols， Analytical Chemistry， Bioinformatics等生物信息学顶级期刊发表
多篇SCI论文。2016年入选上海市浦江人才。 2016年至今英国帝国理工大学, 医学院, 荣誉研究员。
主要研究领域和方向：
1.单细胞组学，代谢组学，蛋白组学等多组学大数据生物信息学新算法开发
2.统计学，化学计量学，机器学习，贝叶斯模型
3.应用R，Matlab，C++， python等编程语言开发算法分析系统
b c
d e f g
h i
OGFSC, Pollen Reference , Pollen
j k
l m
n o
a OGFSC, Ting Reference, Ting
OGFSC, Usoskin Reference, Usoskin
OGFSC, Klein OGFSC, 10X PBMC Reference , 10X PBMC Reference , Klein
OGFSC, Muller Reference, Muller OGFSC, Goolam Reference, Goolam
贾伟 教授
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号系统生物医学楼D104室
邮编：200240
办公室：021-34207345
E-mail：cathywxy@sjtu.edu.cn
贾伟，博士生导师。出生于江苏无锡。上海市千人计划、教育部新世纪优秀人才，科技部（973）重大科学研究计
划首席科学家。从08年起历任Department of Nutrition University of North Carolina at Greensboro 以及The
UNCG Center for Research Excellence in Bioactive Food Components，美国夏威夷大学癌症中心主任、香港
浸会大学PI，终身教授 ，主要从事代谢组学相关研究。迄今为止，已发表以Nature系列，Journal of Proteome
Research为代表的科研论文百余篇。已获得包括美国NIH RO1、国家重点基础研究发展计划（973），教育部新世纪
优秀人才计划，国家科技部国际合作项目，上海市科委重大基础研究项目等在内的多项经费支持。
主要研究领域和方向：
1.肿瘤，糖尿病，肝病等重大疾病的代谢组学基础
研究
2.中药复方体内疗效、安全性以及物质基础和作用
机制研究。
3.肠道菌群-宿主代谢研究
王晓艳，女，医学博士，副研究员。
研究方向：代谢性疾病、肠道菌群代谢及中药药效及成分的代谢组学研究
2007年毕业于上海交通大学药学院，获医学博士，同年进入系统生物医学研究院
。主持国家自然科学基金青年科学基金和国家科技重大专项子课题，作为学术骨
干参与了两项国家科技部重大科学研究计划等项目。工作期间已发表SCI论文33篇
，作为副主编撰写专业论著2部，获上海交通大学-SMC晨星优秀青年教师奖。
课
题
组
成
员
（
硕
导
）
代表性项目：
1.国家重大科学研究计划项目(973计划)两项
2.国家科技部国际合作项目
3.上海市科委重大基础研究项目
4.National Institutes of Health (NIH RO1)两项
赵立平 教授
上海交通大学系统生物医学研究院
上海市闵行区东川路800号生物楼3号楼517
邮编：200240
办公室：021-34204878
电子邮件：lpzhao@sjtu.edu.cn
上海交通大学特聘教授，上海系统生物医学研究中心元基因组平台责任教授。上海市优秀学科带头人。美国微生物
科学院院士，国际微生物生态学会（ISME）常务理事。微生物生态学顶级期刊The ISME Journal的高级编辑，
mSystems、Gut Microbes和FEMS Microbiology Ecology等国际刊物编委。以通讯/第一作者在 Science、PNAS、
Nature Communications、ISME Journal 、Nature Reviews Microbiology等刊物发表论文 40 余篇，2014、2015、2016 、
2018年进入中国高被引作者榜单。应邀在国际微生物生态学大会、国际人类微生物组大会、国际糖尿病技术大会、
美国微生物学会年会、Keystone 营养与健康讨论会等做大会报告，在营养、菌群和代谢病领域享有广泛的国际影响。
申剑，女，博士，副研究员（shenjian@sjtu.edu.cn）。
研究方向：生命早期肠道菌群的建立、及其结构失调与疾病的关系 课
题
组
成
员
（
硕
导
）
主要研究领域和方向：
1.建立和发展解析微生物群落结构与功能关系的新的技术方法
2.利用肠道元基因组学和代谢组学相结合的方法研究肠道菌群在肥胖、糖尿病等复杂疾病中的作用
3.利用肠道菌群的整体结构变化来监测人体健康变化、评价中医药疗效的问题
代表性在研项目：
1.国家自然基金重点基金项目(31330005)：肠道功能菌与营养互作诱发代谢综合征的分子生态学机制研究。2014-
2018。金额301万，项目主持人。
2.完美公司横向项目(12H100000023)：菌群失调型肥胖及相关糖尿病、高血脂、高血压营养干预方案。2015-2017。
金额3000万，项目主持人。
代表性在研项目：
1. 国家自然基金面上基金项目(81570809)：肠道菌群失调在追赶生长导致的代谢综合征
中的病因学作用研究。2016-2019。金额69.6万，项目主持人。
2. 国家自然基金国际合作项目(8161101434)：中加合作健康生命轨迹计划：预防儿童肥
胖的社区-家庭-母婴综合干预队列研究。2018-2022，金额1500万，项目参加者。
3. 美 国 NIH R21 项 目 (1R21ES026412-01) ： Methylmercury Exposure Through Rice
Ingestion, Gut Microbes, and Offspring Development。2016-2018，金额USD386741，
项目参加者。
2003年毕业于华东师范大学生物科学专业，获理学学士。2008年毕业于上海交通大学
生命学院，获微生物学博士。2008-2010年在中科院做博后。2011年任职于系统生物医
学研究院。2013年度上海交通大学-SMC晨星优秀青年教师奖。在工作期间，作为通讯/
第一作者在ISME Journal (IF 9.267)、Frontiers in Microbioogy (IF 4.076)、Scientific
Reports (IF 5.578)、Molecular Aspects of Medicine (IF 10.860)等SCI刊物发表论文8篇，
以其他作者身份发表SCI论文12篇。
Strategy for demonstrating the causative role of the gut microbiota in chronic
diseases
